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在酸性條件下，提高溫度可產生更多的自由醛基，從而提高其生物學活性。戊二醛在pH7. 5～8. 5 堿性條件下，其生物活性較高，可殺滅包括芽胞在內的所有微生物戊二醛在堿性條件下可以聚合成丁間醇醛型不飽和多聚體，再形成更高的聚合形式; 在堿性水溶液中，戊二醛的聚合作用是不可逆的，隨著聚合體的逐漸增多，其活性逐漸減弱或消失；堿性戊二醛隨pH 和溫度提高，存放時間延長，均可導致聚合作用加強，從而加快其活性降低。因此堿性戊二醛活性較強，但有效期一般只有兩周；酸性戊二醛活性較弱，但有效期較長， 可達1 個月。



戊二醛消毒劑以戊二醛為主要原材料，配以適量的增效表面活性劑調制而成。 戊二醛消毒液多用于診療器械、化妝品業、電子工業、賓館業、衛生用品等行業環境和物品的滅菌。對于耐熱和耐濕的物品可選用壓力蒸氣和干熱滅菌，不耐熱和耐濕的物品可選用環氧乙烷氣體滅菌。 如只能選擇戊二醛滅菌，滅菌后的醫療器械必須用無菌蒸餾水( 生理鹽水可能有腐蝕性) 漂洗干凈。醫療產品在消毒與滅菌前，必須被清洗干凈；清洗后，必須干燥后方能浸入戊二醛溶液，以免造成對戊二醛的稀釋。 



含量的戊二醛溶液，這種溶液不能直接使用，需要稀釋并加入其他表面活性劑等材料混合而成戊二醛消毒液。

因此，戊二醛對超微結構細節的保存能力更勝于甲醛，且在固定后的漂洗環節，標本的固定效果能繼續保持穩固。除了染色環節，戊二醛還可能影響切片。戊二醛固定的標本，由于交聯更穩固，宏觀上表現為韌性更強，質地更致密。



在后續脫水、浸蠟等操作中，標本的硬化程度通常更高，滲透速度會更慢。如果批量操作中不加注意，戊二醛固定的標本，很可能成為一批當中難切的一類。在需要進行免疫反應的實驗中，戊二醛濃度超過0.5%時，通常會顯著破壞大多數抗原的檢出靈敏度。對光鏡觀察可能破壞有效的免疫檢測，在光鏡免疫化學實驗中，不用戊二醛。